医療機器工業はクリーンルームに生殖不能プロダクトを、質および一貫性のhigh-levelの外科手術用の器具そしてインプラントのような、製造するために頼る。医療機器のクリーンルームは浮遊粒子状物質、細菌および他の汚染物の温度のような環境要因を、湿気および気流、またレベル制御するように設計されている。

医療機器のクリーンルームは最も厳しくてクラスAのクリーンルームが清潔のレベルに従って普通、分類される。特殊な設備そして用具の使用は、層流のフードおよびbiohazardのキャビネットのような、医療機器のクリーンルームでまた共通である。

効果的に医療機器でクリーンルームを使用するために、環境ではたらくことのための厳密な議定書に続くことは重要である。従業員は専門にされた衣類を身に着けなければなり、厳密なプロシージャにクリーンルームの環境を汚染することを避けるために付着する。さらに、クリーンルームの環境の定期的なメインテナンスは粒子および汚染物の集結をそのうちに防いで重大である。